複雑系科学実験Ⅱ-2016

目的・ねらい：

物質や生命が示す複雑系現象を対象に、分子情報や生命情報の取得法や解析法の初歩についての基礎的な実験を通して学習する。
さらに、様々な自然現象についての数理的モデル化と計算機シミュレーションを行い理解を深める。

授業の工夫：

具体的な生物から抽象的なシミュレーションまで幅広く実験系を取り上げることで、様々なレベルやスケールで自然界に存在する複雑系現象に対する基本的な見方を身につけられることを目指している点。

授業内容とスケジュール

（１）イントロダクション：本実験のスケジュールを説明し概要を解説する。（１回）

（２）多彩な花色は複雑な成分が自己組織化して超分子を敬意制することにより発色することがわかっている。この現象について、色素の抽出および発色実験により理解することを目的とする。担当：吉田久美教授（４，５回）

（３）DNA 工学とバイオインフォマティクスは、環境応答やパターン形成、さらには進化といった複雑で動的な生命現象を理解する上で有用である。これら二つの技法について、受講者自身のゲノム DNA を分析するなどし、おもに実技を中心に学習する。
担当：青木摂之准教授（４，５回）

（４）計算機上に生物や社会集団を抽象化したモデルを創って動かすことでその創発的な振る舞いを理解する構成論的手法について、エージェントベースモデルや進化計算等を題材にいくつかのモデルを実際に構築したり、動かしたりすることを通じて、その方法論や応用への展開を理解する。担当：鈴木麗璽准教授（４，５回）

教科書・参考書

それぞれの担当教員が初回に資料を配布し、参考文献を指示する。化学、生物学、進化やシミュレーションに興味があることが望ましい。

成績評価

原則全ての授業に出席の上、課題レポートを提出したものについて、出席点比重 50％、レポートの総合点比重 50％で成績評価を行う。

講義資料

イントロダクション配付資料〔鈴木担当分）

複雑系科学実験 II

エージェントベースモデル配付資料（鈴木担当分）

NetLogo の基礎

NetLogo でネットワーク科学

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